Pokémon Pokopia -pelissä pelaajat pelaavat Ditto -hahmona, joka on vihdoin herännyt pitkästä horroksestaan ja muuttunut ihmisen näköiseksi. Ditto tapaa omalaatuisen professori Tangrowthin, joka on elänyt täysin yksin paikassa, jossa ihmiset ja Pokémonit aikoinaan asuivat, ja jolla näyttäisi olevan ihmisten työkaluja. Nähdessään kuihtuneet nurmikot ja puut, Ditto päättää alkaa rakentaa aluetta uudelleen: valmistaen esineitä ja oppien liikkeitä muilta Pokémoneilta, luoden vaihe vaiheelta paikan, jossa kaikilla on hyvä elää.
Pelaaja voi oppia liikkeitä kohtaamiltaan Pokémoneilta ja käyttää niitä elinympäristöjen luomiseen, joihin eri Pokémonit voivat ilmestyä. Opittuja liikkeitä voi hyödyntää myös muuhun, kuten seinien murskaamiseen (Rock Smash), vehreyden lisäämiseen (Leafage), vuorelta toiselle loikkaamiseen (Glide) tai veden yli liikkumiseen (Surf).
Pelaajat voivat myös olla vuorovaikutuksessa kohtaamiensa Pokémonien kanssa – esimerkiksi hypätä narua Bulbasaurin köynnöksillä, pyytää Charmanderia sytyttämään tulia tai rakentaa taloja yhdessä useiden Pokémonien kanssa.
Pokémonit voivat pyytää pelaajaa tekemään elinympäristöstään viihtyisämmän paikan elää. Joillakin on myös tärkeitä pyyntöjä, jotka liittyvät suurempiin ongelmiin ja niiden ratkaisemiseen. Näiden ongelmien ratkaisu kehittää koko aluetta.
Pelaajat voivat myös muokata ulkonäköään erilaisilla kampauksilla ja asuilla sekä valmistaa esineitä ja huonekaluja ympäristönsä personoimiseksi. Jopa neljä pelaajaa voi nauttia pelaamisesta yhdessä.
Professori Tangrowthin lisäksi pelaajat kohtaavat muita salaperäisiä Pokémoneja.
- Peakychu: Kalpea Pikachu, jolla on lurppakorvat ja mystisen värinen turkki
- Mosslax: Sammal on kasvanut tämän Snorlaxin koko kehon peitoksi, ja sen pään päällä näyttää kukkivan kukka. Sen on täytynyt nukkunut todella pitkään
- Smearguru: Smeargle, jonka keho on täynnä kirkkaita väriläiskiä. Se näyttää lähes maalarilta käyttäessään häntäänsä siveltimenä
